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सबसे बड़ा विवाद कालापानी, लिम्पियाधुरा और लिपुलेख क्षेत्र को लेकर है। इसके अलावा दक्षिणी हिस्से में सुस्ता क्षेत्र को लेकर भी दोनों देशों के दावे अलग-अलग हैं। यह विवाद 1816 में हुए Treaty of Sugauli की अलग-अलग व्याख्याओं से जुड़ा हुआ है। नेपाल और भारत दोनों ही इन इलाकों पर अपना दावा करते रहे हैं