पिछले कुछ सालों में शुभमन गिल को कई बार चोट और स्वास्थ्य से जुड़ी परेशानियां हुई हैं। इसका असर उनके अलग-अलग फॉर्मेट में खेलने पर भी पड़ा। अक्टूबर 2023 में वनडे वर्ल्ड कप के दौरान डेंगू होने के कारण उन्हें कुछ समय के लिए टीम से बाहर रहना पड़ा था। नवंबर 2024 में अंगूठे की चोट ने उनकी बॉर्डर-गावस्कर ट्रॉफी में खेलने की स्थिति को प्रभावित किया। इसके बाद 2025 के आखिर और 2026 में भी उनकी परेशानी जारी रही। दक्षिण अफ्रीका के खिलाफ बल्लेबाजी करते समय गर्दन में गंभीर चोट लगने के बाद उन्हें अस्पताल में भर्ती कराया गया और लंबे समय तक रिहैब करना पड़ा।